Η πόλη ανακαλύφθηκε το 1911, στις 24 Ιουλίου, από τον Αμερικανό ιστορικό και αρχαιολόγο Χίραμ Μπίνγκαμ. Ο Μπίνγκαμ ήταν γιος ενός προτεστάντη ιερέα και είχε σπουδάσει Ιστορία και Πολιτικές Επιστήμες στο Πανεπιστήμιο Χάρβαρντ. Το ενδιαφέρον του στρεφόταν γύρω από την ιστορία των λαών της Λατινικής Αμερικής , μέσω της εμπορικής οδού που είχαν χαράξει οι ισπανοί κονκισταδόρες (conquistadores).
Τον Ιούλιο του 1911 ξεκίνησε από το Κούσκο η Περουβιανή αποστολή του Γέιλ (Yale Peruvian expedition), την οποία οργάνωσε και χρηματοδότησε ο Μπίνγκαμ και κάποιοι παλαιοί συμφοιτητές του. Την αποστολή στελέχωναν ένας γιατρός, ένας τοπογράφος, ένας γεωλόγος, ένας μηχανικός, ένας ντόπιος οδηγός, ο ίδιος ο Μπίνγκαμ και ένας παλιός συμφοιτητής του.
Η δυσπρόσιτη θέση του Μάτσου Πίτσου έκανε πολλούς να πιστέψουν ότι ήταν το τελευταίο καταφύγιο των Ίνκας, στον αγώνα τους εναντίον των Ισπανών. Δηλαδή πολλοί πίστεψαν ότι ήταν η θρυλική Βιλκαμπάμπα λα Βιέχα που ίδρυσε ο βασιλέας των Ίνκας Μάνκο Ίνκα. Η πραγματικότητα είναι ότι το Μάτσου Πίτσου χτίστηκε το 1460 και χρησίμευε ως αστρονομικό παρατηρητήριο με αρχείο χρονολόγησης, λατρευτικό κέντρο και ως θερινά ανάκτορα των βασιλέων. Η πόλη φαίνεται ότι εγκαταλείφθηκε όταν ο ηγεμόνας Μάνκο Ίνκα γνωστός και σαν Μάνκο Κάπακ ο Β' ξεκίνησε τον αγώνα ανεξαρτησίας των Ίνκας από τους Ισπανούς κατακτητές, γιατί όπως φάνηκε από τα ευρήματα εκείνη την εποχή στη πόλη χτύπησε μια μεταδοτική ασθένεια.
Η πρόσβαση στην πόλη δεν είναι εύκολη καθώς η πορεία, καθότι μέχρι το υψόμετρο των 2.350 μέτρων γίνεται μόνο με τρένο ενώ το υπόλοιπο τμήμα ο επισκέπτης το κάνει πεζοπόρος. Η αρχαία είσοδος της πόλης ήταν από τη νότια πλευρά και όχι από τη δυτική που είναι σήμερα για τους επισκέπτες. Στο Μάτσου Πίτσου προσδιορίζονται δυο οικοδομικές φάσεις, η πρώτη του 1460 επί της βασιλείας του Ίνκα Πατσακούτι (1438-1471) και η δεύτερη του 1530, του Μάνκο Ίνκα. Έχουν μετρηθεί στην πόλη 200 κτίσματα που χωρίζονται μεταξύ τους με τοίχους, ανοιχτούς χώρους σαν πλατείες και μονοπάτια. Η πόλη χωρίζεται σε δυο τομείς, τον Αστικό και τον Αγροτικό, που τους χωρίζει μια μεγάλη πλατεία. Ο Αστικός τομέας βρίσκεται στο βόρειο τμήμα της πόλης και περιλαμβάνει όλα τα τελετουργικά και διοικητικά κτίρια της πόλης μαζί με τα οικήματα, καθώς και τέσσερις πλατείες.
